Το πρόγραμμα, διατηρεί και επιδιώκει να ενισχύει του δεσμούς του με φορείς και οργανισμούς που συμπίπτουν οι επιστημονικοί και ερευνητικοί τους στόχοι με το ερευνητικό και εκπαιδευτικό έργο του μεταπτυχιακού. Οι συνεργασίες αφορούν στην διευκόλυνση και υποστήριξη της πραγματοποίησης των ερευνητικών διπλωματικών εργασιών των φοιτητών μας, αλλά και στης πραγματοποίηση, της ερευνητικής και κλινικής πρακτικής εργασίας των φοιτητών.

Ενδεικτικά στην ακόλουθη λίστα καταγράφονται οι σχετικές μονάδες/εργαστήρια και φορείς για τις τρέχουσες διπλωματικές εργασίες και την πρακτική των φοιτητών μας:

• Ειδική Μονάδα Αναπτυξιακής και Συμπεριφορικής Παιδιατρικής Α. Πανεπιστημιακή Παιδιατρική Κλινική
• Μονάδα Αναπτυξιακής Ψυχοφυσιολογίας και Έρευνας του στρες Α. Πανεπιστημιακή Παιδιατρική Κλινική 
• Ειδική Μονάδα Παχυσαρκίας Α. Πανεπιστημιακή Παιδιατρική Κλινική 
• Ειδική Μονάδα Ενδοκρινολογίας Μεταβολισμού και Σακχαρώδους Διαβήτη (6ος όροφος) Και Κέντρο Εμπειρογνωμοσύνης σπανίων ενδοκρινικών παθήσεων παίδων Α. Πανεπιστημιακή Παιδιατρική Κλινική 
• Παιδοψυχιατρική Κλινική Πανεπιστημιακή Κλινική, Νοσοκομείο Παίδων «Η Αγία Σοφία».
• Ειδικό Κέντρο Εφηβικής Ιατρικής Α. Πανεπιστημιακή Παιδιατρική Κλινική
• Εργαστήριο: Κυτταρικής Σηματοδότησης και Μοριακής Φαρμακολογίας, ΕΚΕΦΕ Δημόκριτος
• Νοσοκομείο Συγγρός- Ειδικό Ιατρείο ψυχοδεραματολογιας
• Ερευνητικό Πανεπιστημιακό Ινστιτούτο Ψυχικής Υγιεινής (ΕΠΙΨΥ).
• Α’ Ψυχιατρική Κλινική Πανεπιστημίου Αθηνών, Αιγινήτειο Νοσοκομείο 
• Ειδικό Ιατρείο Ιδεοψυχαναγκαστικής Διαταραχής και Συναφών Διαταραχών στο Αιγινήτειο Νοσοκομείο 
• Β' Μαιευτική - Γυναικολογική Κλινική, της Ιατρικής Σχολής του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών, Αρεταίειο Νοσοκομείο 
• Ρευματολογική Κλινική, Ναυτικό Νοσοκομείο Αθηνών
• Αστική με Κερδοσκοπική Εταιρεία ΑΝΑΣΑ 
• Η Ελληνική Εταιρία Προστασίας και Αποκατάστασης Αναπήρων Προσώπων (ΕΛΕΠΑΠ)